Если есть устоявшееся написание — Киото, а не Кёто, то как правильно писать название студии: КиоАни или КёАни?
кеани расшифровывается как киото анимейшн))
так что вопрос имеет смысл))
А вообще названия фирм, корпораций и учреждений не переводятся. По-любому Кё